南繁是指秋冬季节到海南省从事农作物品种选育、种子生产和种质鉴定等活动。早在1956年9月，辽宁省农科院水稻所一行数人卷着简单的行囊，不远万里，直奔海南，扎根三亚，究选育优良水稻和玉米种子，自此，揭开了农业南繁工作的序幕。

      1961至1969年，农业南繁工作逐步确立，南繁作物从玉米扩大到其他粮食作物、经济作物和蔬菜作物。期间北方许多农业科研教育单位先后开展农作物异地培育工作。山西省农科院在南繁基地培育出第一个杂交高粱组合——晋杂5号；河南省新乡市农科所在南繁基地培育出第一个杂交玉米组合——新双1号。1966年9月，国家农业部在海南岛召开“玉米亲本繁殖会议”，在琼南崖县、陵水、乐东3个县21个公社和6个国营农场兴建良种繁育场。

       1970年11月袁隆平助手李必湖和南红农场冯克珊在崖县（现三亚市）南红农场的水沟边发现的一株水稻野败不育株，袁隆平进而利用杂交选育出野败型籼稻不育系二九南、二九矮，为我国杂交水稻研究奠定了基础。1972年10月，国务院发布第72号文件，批转农业部《关于当前种子工作的报告》，确定农作物南繁的重点放在科学研究和新品种的加代繁殖上，南繁工作被纳入到规范化管理轨道。

       1983年10月，国家农业部在三亚市召开“南繁工作汇报座谈会”，提出“利用好、保护好、建设好海南南繁基地”，并列入国家“六五”计划建设项目。同年，农业部颁布了《南繁工作试行条例》，对南繁范围、组织领导、南繁计划、基地选择、经济政策、专用化肥、农药管理、种子检疫、运输等都做出了具体的规定。上世纪90年代初至今，南繁事业处于稳定快速发展中。“玉米大王”李登海通过南繁培育出“登海系列”高产优质玉米品种10多个，推广面积最大时占全国玉米面积的34%。

      1998年，郭三堆专家在南繁基地研究成功双价抗虫棉，经过几年的推广应用，推广面积占总面积的70%以上，改写了美国抗虫棉独霸我国市场的历史。2006年他又成功地实现了棉花制种三系配套，此项技术将大大促进我国棉花生产的发展。中国工程院院士吴明珠，经过三十多年的南繁，培育出了“芙蓉”、“含笑”、“绿宝石”、“金凤凰”等甜瓜系列，使我国的甜瓜生产步上了一个新的台阶。

      2005年回良玉副总理等领导相继到南繁基地视察调研，并指示：各方务必形成合力，推进南繁事业健康发展，为全国农业大局做出新的贡献。农业部领导每年都带队来琼考察慰问，召开年会，为南繁发展指导决策。2006年农业部批复了四个项目，投入2530万元，重点建设海南省三亚荔枝沟、乐东、陵水南繁基地和国家南繁种子检疫检测中心。2008年3月28日，海南省南繁办正式挂牌，根据国家南繁工作领导小组的决定，对外履行国家南繁办的职能，标志着南繁管理服务工作逐步实现农业部提出的南繁管理的根本性转变，也表明了农业部和海南省政府对南繁管理工作的高度视。 2009年7月，国家制定了全国新增粮食生产能力规划，提出到2020年，我国粮食生产能力达到11000亿斤以上，比现有产能增加1000亿斤。明确将加强海南南繁科研制种基地建设，科学分设制种田，完善科研实验、种子检测等公共服务设施，加速育种材料繁殖、纯化和筛选等纳入规划。这标志着海南南繁育种基地建设将进入一个崭新的发展阶段。

      近几年每年南繁育种面积达到8—13万亩，地域上从最初的琼南三亚、乐东、陵水三个市县扩展到以临高为中心的琼北育种区。每年冬季全国各地有多达500家科研单位、高等院校、民营科技企业、种子部门及个体户来南繁基地育种，人数约5000多人，涉及28个省（市、区）。中国工程院院士、“杂交水稻之父”袁隆平，中国工程院院士、“甜瓜大王”吴明珠，全国科协副主席、中国科学院院士、华中农大教授张启发，中国工程院院士、玉米育种家、中国农大教授戴景瑞，中国工程院院士、水稻育种家、武汉大学教授朱英国，中国工程院院士、杂交水稻育种家、四川农大教授周开达，全国人大常委、“玉米大王”李登海，著名棉花专家郭三堆等，长期到海南从事南繁研究工作，结出了累累硕果。南繁育种已经形成了一个大的产业。据不完全统计，1959年以来，全国各地到海南南繁的人数累计超过30万人次，面积累计达300多万亩，生产水稻、玉米、小麦、高粱、油料、棉花、烟草、麻类、蔬菜、瓜果等28种农作物优良亲本种子近6亿公斤。

      建国以来我国培育出5000多个农作物品种，80%都经过了南繁育种。南繁育种对全国种子改良和更新换代做出了巨大贡献，对保障国家粮食安全、保障农产品销售、促进农业发展发挥了重要作用。南繁基地被誉为中国农业科技硅谷、种业硅谷、绿色宝库、天然基因库、良库、农业生产用种调节库、育种家的天堂，是我国最大的、最开放、最具影响力的农业科技试验基地。